В 1990-е годы укрепилась материально-техническая база училища. Был расширен перечень кабинетов доклинической практики.

Оснащение процесса обучения современными техническими средствами стало особенно актуальным в начале 90-х годов. Учебный процесс был компьютеризирован.

В 2000 году училище было аттестовано и получило свидетельство о Государственной аккредитации Министерства здравоохранения Российской Федерации.

В 2005 году училище подтвердило свой статус и получило свидетельство о Государственной аккредитации Министерства образования и науки Российской Федерации, Федеральной службы по надзору в сфере  образования и науки.

В 2007 году по приказу министра здравоохранения Республики Бурятия В.В. Кожевникова впервые в истории здравоохранения Республики Бурятия,  в целях снижения дефицита специалистов, на базе колледжа была открыта специальность «Лабораторная диагностика». Были оборудованы специализированные лаборатории, сформирован кадровый потенциал, получена лицензия, произведен набор и начата подготовка медицинских лабораторных техников на очном и очно-заочном отделениях.

В 2008 году Селенгинское медицинское училище было переименовано в ГОУ СПО «Селенгинское медицинское училище Министерства здравоохранения Республики Бурятия», в этом же году введена углубленная подготовка по направлению «Семейная медицина с основами традиционной (Тибетской) медицины» по специальности «Сестринское дело».

В июле 2008 года училищу по показателям Государственной аккредитации и в целях повышения качества подготовки специалистов среднего звена присвоен статус колледжа с правом подготовки специалистов базового и повышенного уровней.

В 2011 году  путем изменения типа существующего ГОУ СПО «Байкальский базовый медицинский колледж Министерства здравоохранения Республики Бурятия» получен статус автономного базового образовательного учреждения.

В 2012 году произошла реорганизация колледжа путем присоединения к нему Кяхтинского медицинского училища и на его базе был создан филиал, являющимся структурным подразделением ГАОУ СПО «Байкальский базовый медицинский колледж Министерства здравоохранения Республики Бурятия», реализующим основные общеобразовательные программы, основные образовательные программы среднего профессионального образования базовой подготовки.

С момента создания, медицинский колледж прошел нелегкий путь. Успехи и достижения учебного заведения связаны с трудом, талантом, высоким профессионализмом людей, работающих в педагогическом коллективе. Многие выпускники колледжа проявили не только высокий профессионализм, но и замечательные организаторские способности, снискавшие им высокий авторитет среди коллег. Байкальский базовый медицинский колледж стал трамплином для многих специалистов, которые трудились, и продолжают трудиться в лечебных и учебных медицинских учреждениях, являются организаторами здравоохранения. Колледж гордится своими выпускниками и преподавателями, сумевшими добиться серьезных успехов в жизни.

Сегодня, Байкальский базовый медицинский колледж — современное многопрофильное учебное заведение. Это более пятисот студентов, которые обучаются на отделениях: «Лечебное дело», «Сестринское дело», «Фармация», "Лабораторная диагностика". Кроме того, ежегодно в стенах колледжа проходит постдипломное обучение средних медицинских работников лечебно-профилактических учреждений республики Бурятия.